A logókkal és jelöléssel ellátott ökológiai termékek előállítása és az EU piacán történő forgalmazása egy szigorú eljárásrendet követ, melyet teljes egészében be kell tartani.

A konvencionális gazdálkodóknak először is egy legalább két éves átállási időszakon kell átesniük, mielőtt ökológiaiként értékesíthető mezőgazdasági termékeket állítanának elő. Abban az esetben, ha szokványos és biotermékeket is szeretnének termelni, akkor e két tevékenységet egyértelműen el kell különíteniük egymástól.

Az EU Rendelet rájuk vonatkozó előírásait a termelőknek és a feldolgozóknak is mindenkor be kell tartaniuk. A megfelelés biztosítása érdekében az EU ellenőrző szervezetei vagy hatóságai rendszeresen ellenőrzik őket.

Ezek után a sikeres termelők vagy más szereplők megkapják az ökológiai tanúsítást és termékeiket ökológiaiként jelölhetik.

A Rendelet szigorú előírásokat tartalmaz a jelöléssel és logóhasználattal kapcsolatban, hogy ezzel minimálisra csökkentsék a fogyasztók megtévesztésének vagy az esetleges visszaélések lehetőségét:

"Bármely kifejezés, úgy mint az ökológiai, bio, öko stb., beleértve a védjegyekben használt kifejezéseket, vagy a jelölésre illetve reklámozásra használt egyéb módszereket, mely alkalmasak lehetnek a fogyasztó vagy a felhasználó megtévesztésére azt sugallván, hogy a termék vagy annak összetevői megfelelnek jelen Rendelet előírásainak, nem alkalmazhatók nem-ökológiai termékek esetén.“

Továbbá, az ökológiai jelölés nem használható olyan terméknél, melynek címkéjén fel van tüntetve, hogy GMO-t tartalmaz.

A még nagyobb biztonság érdekében a jogszabály értelmében valamennyi ökológiaiként jelölt terméken fel kell tüntetni annak a nevét, aki a terméket utolsóként kezelte - ez lehet például a termelő, a feldolgozó vagy a kereskedő - továbbá az ellenőrző szervezet nevét vagy kódját.

Az EU ökologót és a Tagállamok logóit a jelölés kiegészítéseként alkalmazzák valamint azért, hogy a fogyasztók számára könnyebben felismerhetővé tegyék az ökológiai élelmiszereket és italokat.

Tehát, az EU ökologót viselő termékeket vásárló fogyasztók biztosak lehetnek abban, hogy:

• a termék összetevőinek legalább 95%-a ökológiai gazdálkodásból származik;
• a termék megfelel a hivatalos ellenőrzési rendszer szabályainak;
• a termék lezárt csomagolásban érkezett közvetlenül a termelőtől vagy feldolgozótól;
• a terméken rajta van a termelő, a feldolgozó vagy kereskedő neve valamint az ellenőrző szervezet neve vagy kódja

2010. július 1-jétől az EU-ban kötelező a logó feltüntetése az előre csomagolt élelmiszereken. Importált termékek tekintetében használata a dátumot követően továbbra is önkéntes lesz. A jövőben, a Rendelet alkalmazása után, az EU közösségi logót a mezőgazdasági alapanyagok származási helyének feltüntetése kell kísérje. Ez a jelölés lehet „EU”, „nem-EU” vagy az illető ország neve - legyen az tagállam vagy sem - ahol a terméket vagy annak alapanyagait előállították.

Ha valaki egy másik EU Tagállamban szeretné a termékeit eladni, lehetséges, hogy még egy további logót is fel kell tüntetnie, mely az illető piacokon ismert. Az EU logó segítségével ez a duplikáció elkerülhető, mivel ezt az egész EU-ban ismerik.Az EU ökológiai logójával kapcsolatos további információkat a logóval kapcsolatos kérdésekben és válaszokban találhat (en).

Az átállási idő elteltével a gazdasági szereplők továbbra is évente átfogó ellenőrzéseknek lesznek alávetve, melyek a következőket tartalmazzák:

• Vásárlási és eladási dokumentumok, állományváltozási- és állategészségügyi naplók stb. ellenőrzése
• Esetleges mintavétel
• Az állattartás bel- és kültéri körülményeinek ellenőrzése
• Szántóföldek, gyümölcsösök, melegházak és legelők ellenőrzése

A nagyobb kockázatot jelentő szereplők esetén az ellenőrök még további ellenőrzéseket és helyszíni szemléket tarthatnak.

Minden EU-tagállam kiépített egy ellenőrzési rendszert és kijelölt egy bizonyos számú hatóságot és/vagy elismert privát ellenőrző szervezetet az ökológiai gazdálkodás ellenőrzésére és tanúsítására.

Azoktól az szereplőktől, amelyek nem felelnek meg az összes követelménynek, visszavonható az ökológiai tanúsításuk valamint megvonható az a joguk, hogy a termékeiket ökológiaiként értékesíthessék.