Os agricultores que seguem uma agricultura biológica não procuram apenas manter o solo num estado saudável, fértil e natural; tentam também melhorar as suas condições através da adição dos nutrientes adequados, de melhoramentos ao nível da estrutura do solo e de uma gestão eficaz da água.

Práticas importantes usadas pelos agricultores biológicos para manterem e melhorarem a saúde do solo incluem:

• Adopção de rotações de culturas longas e diversificadas para interrupção dos ciclos dos infestantes e pragas, para dar ao solo tempo para recuperação e para adição de nutrientes úteis. Plantas como o trevo, por exemplo, fixam azoto atmosférico no solo
• Utilização de fertilizantes orgânicos à base de estrume – para melhoria da estrutura do solo e para prevenção da erosão
• Restrição rigorosa ao uso de fertilizantes e pesticidas sintéticos – para evitar alterações a longo-prazo da consistência e a dependência química do solo
• Fornecimento de pastagens mistas aos animais – para evitar sobrepastoreio, permitir tempo de recuperação do solo e evitar a perda de nutrientes
• Sementeira de culturas para adubação verde, que permitem a cobertura do solo após a colheita – para prevenção da erosão do solo e lixiviação de nutrientes
• Plantação de sebes e prados – para prevenção da erosão do solo e perda de nutrientes

Sempre que possível, os agricultores biológicos empregam métodos mecânicos e físicos de cultivo, de forma a alcançar os melhores resultados no que respeita à saúde e estrutura do solo. Por outras palavras, os agricultores biológicos controlam os parasitas através do corte, em vez de usarem herbicidas. Isto ajuda a manter a biodiversidade quer à superfície quer no interior do próprio solo.

Alguns estudos revelaram que a agricultura biológica leva a um aumento do número de organismos benéficos existentes no solo, que ajudam a promover o desenvolvimento mais saudável das plantas e animais.

Um estudo de 2002 intitulado Fertilidade do solo e biodiversidade na agricultura biológica (en) concluiu que a agricultura biológica:

• Duplica o número de besouros coprófagos no solo
• Produz 50% mais minhocas
• Produz 60% mais besouros
• Duplica o número de aranhas

Os sistemas de agricultura biológica geralmente possuem menos animais por de área de pastagem. Isto ajuda a evitar o stress dos animais e diminui o risco de doenças e pragas, melhora a biodiversidade dos terrenos agrícolas e reduz a compactação do solo e o risco de erosão.

Além de serem métodos preferidos por parte dos agricultores, muitas das práticas que são benéficas para o solo também são prescritas pelo Regulamento para a agricultura biológica. Por exemplo, o novo Regulamento da UE para a agricultura biológica contém os seguintes pontos:

• A produção vegetal biológica deve recorrer a práticas de cultivo que mantenham ou aumentem o conteúdo de matéria orgânica, estabilidade e biodiversidade do solo e previnam a compactação e erosão.
• A fertilidade e a actividade biológica do solo devem ser mantidas e melhoradas através da rotação plurianual de culturas, incluindo leguminosas e outras culturas de adubação verde, da aplicação de estrume ou outro material orgânico, preferencialmente compostado, de produção biológica