Biologische boeren streven er niet alleen naar om de bodem in een gezonde, vruchtbare en natuurlijke staat te houden. Ze proberen ook de bodem te verbeteren door voor de juiste voedingsstoffen te zorgen, de bodemstructuur te verbeteren en effectief waterbeheer.

Belangrijke maatregelen die biologische boeren treffen om de gezondheid van de bodem te behouden of te verbeteren zijn:

• Toepassing van een brede en gevarieerde vruchtwisseling om onkruid en plagen tegen te gaan, de bodem de tijd geven om te herstellen en nuttige voedingsstoffen toe te voegen. Groenten, zoals bijvoorbeeld klaver, binden stikstof uit de atmosfeer.
• Het gebruik van dierlijke meststoffen om de bodemstructuur te verbeteren en bodemerosie te voorkomen.
• in de VS tijdens een onderzoek op het Rodale Institute. Dit onderzoek wees uit dat de biologische landbouw over een periode van 22 jaar dezelfde tarwe- en sojabonenoogst opbracht als niet-biologische bedrijven, maar 30% minder energie, minder water en geen chemisch-synthetische pesticiden gebruikte.
• Zaaien van gemengde grassoorten. Dit voorkomt dat sommige plantensoorten in de wei, door overbegrazing, niet meer kunnen herstellen. Ook de bodem zelf kan zo beter herstellen en het voorkomt verlies van voedingsstoffen.
• Zaaien van groenbemesters die na de oogst de grond bedekken. Dit voorkomt bodemerosie en uitspoeling van voedingsstoffen.
• Het planten van hagen en inzaaien van graslanden om bodemerosie en verlies van voedingsstoffen te voorkomen

Biologische boeren gebruiken zoveel mogelijk mechanische methodes van bodembewerking om een optimale gezondheid en structuur van de bodem te bereiken. Ze houden onkruid onder controle door het te wieden in plaats van herbiciden te gebruiken. Hierdoor blijft de biodiversiteit zowel boven- als ondergronds in stand.

Sommige studies hebben aangetoond dat biologische landbouw leidt tot een toename van het aantal nuttige organismen dat in de bodem leeft en dat helpt om gewassen en vee gezond te houden.

Een studie uit 2002 genaamd Soil Fertility and Biodiversity in Organic Farming (en) toont aan dat op biologische bedrijven:

• het aantal mestkevers in de bodem verdubbelt
• 50% meer wormen in de bodem voorkomen
• 60% meer kortschildkevers zijn te vinden
• het aantal spinnen verdubbelt

Biologische landbouwsystemen laten doorgaans per hectare minder vee grazen in elke wei. Dit helpt om stress, plagen en ziektes bij het vee tegen te gaan en verbetert de biodiversiteit van het boerenland. Als bijkomend voordeel treedt minder bodemverdichting en bodemerosie op.

Boeren kiezen voor deze methodes omdat ze gunstig zijn voor de bodem. Daarnaast worden de meeste werkwijzen ook voorgeschreven in de Verordening inzake biologische landbouw. De nieuwe EU-verordening inzake biologische landbouw bevat bijvoorbeeld de volgende punten:

• Bij de productie van biologische gewassen moet men gebruik maken van grondbewerkingen en andere methodes die het organische stof gehalte in de bodem behouden of vergroten, de stabiliteit en de biodiversiteit van de bodem vergroten en bodemverdichting en -erosie voorkomen.
• De vruchtbaarheid en de biologische activiteit van de bodem moet behouden blijven en bevorderd worden door meerjarige vruchtwisseling inclusief het inzaaien van leguminosen en andere groenbemesters, het gebruik van dierlijke mest of organisch materiaal, bij voorkeur gecomposteerd, uit biologische productie.