När termen biologisk mångfald används i ekologiskt jordbruk innebär det inte bara att det finns fler växter och djur. Det innebär också att fler av växterna och djuren i ett visst område finns där naturligt Speciell tonvikt läggs också på att bevara hotade arter av växter och djur.

Många metoder som syftar till att öka produktiviteten i det ekologiska jordbruket främjar även växt och djurlivet. Exempel på detta är:

• Användning av stallgödsel ökar mängden mikroorganismer, daggmaskar, spindlar och skalbaggar i jorden
• Användning av växtföljder och lämpliga växtsorter som konkurrerar med ogräs och motstår sjukdomar och skadegörare, gynnar de önskade växterna och missgynnar de oönskade.
• En mer regelbunden användning av växtföljder resulterar i odling av fler sorter av primärgrödor, ärtväxter och foder
• Genom att prioritera lokala sorter av växter och djur behåller man en naturlig mångfald i olika områden.
• Genom att använda naturliga fiender till ogräs och skadegörare istället för kemiska bekämpningsmedel bidrar man till att öka djurlivet

Ekologiska bönder använder också metoder som kanske inte finns i någon förordning men som ändå bidrar till att behålla den naturliga balansen och biologiska mångfalden på och omkring gårdarna. Dessa innebär

• Plantering av häckar och träd
• Bevarande av ängsmarker
• Skyddande av naturliga vattendrag
• Skyddande av träd och annan ursprunglig vegetation

Begränsningar för användandet av konstgödsel, kemiska bekämpningsmedel och andra syntetiska insatsmedel förhindrar också eventuellt läckage till vattendrag och de negativa effekterna sådana föroreningar har på vattenlivet. Dessa restriktioner undviker också det potentiella hotet av bioackumulation, där predatotorer högt upp i näringskedjan, som rovfåglar, kan dö som ett resultat av att ha ätit giftiga mängder av dessa kemikalier som ökat i halt för varje led i näringskedjan.

Åtgärder som syftar till att förbättra djuromsorgen som att erbjuda möjlighet till utevistelse med bete för fjäderfä, grisar, nötdjur och andra djur är ytterligare ett sätt att främja den biologiska mångfalden.

Förutom detta förbjuder förordningen om ekologsikt jordbruk användningen av genetiskt modifierade organismer i både växt- och djurproduktion. Detta bidrar till att behålla populationer av ursprungliga växt- och djurarter och främjar användningen av många fler växt- och djurarter i jordbruket.

Några studier har även visat att ekologiskt jordbruk producerar mindre utsläpp av kol och kan därför ha en roll i att minska klimatförändringarna. Faktorer som möjligtvis kan bidra till detta inkluderar:

• Minskad energianvändning genom återcirkulation och användning restprodukter istället för användning av konstgödsel som producerats med energikrävande processer.
• Bibehållande av mer ursprunglig vegetation och mer vegetation generellt
• Bindande av kol i markens organiska material, för att ekologisk produktion försöker öka humushalten i marken