A biodiverzitás szó használata az ökológiai gazdálkodásban nem csupán több gazdasági állatot és növényt jelent, hanem azt is, hogy több az adott helyen honos növény és állat él természetes módon. Különös figyelmet szánnak a veszélyeztetett állat- és növényfajok megőrzésének.

Sok olyan módszer, mely növeli a termelékenységet az ökológiai gazdálkodásban azzal a természetes másodlagos hatással bír, hogy pozitívan hat a növények és állatok életére vagy segít fenntartani a természetes sokféleséget. Például:

• Az állati eredetű trágya használata növeli a mikroorganizmusok, földigiliszták, pókok és bogarak számát a talajban
• A vetésforgó használata és a megfelelő növényfajták alkalmazása, melyek ellenállóak a gyomokkal, a kártevőkkel és a betegségekkel szemben, a kívánt növények megerősítéséhez és a nemkívánatosak gyengítéséhez vezetnek
• A gyakoribb vetésforgó a főnövények, pillangósok és takarmánynövények nagyobb változatosságát eredményezi
• Az őshonos állat- és növényfajták előnyben részesítése segít fenntartani a különböző területek természetes sokszínűségét
• A gyomnövények és a kártevők természetes ellenségeinek bevetése segít az állatok életének meghosszabbításában, nem úgy, mint a kémiai úton előállított növényvédőszerek

Az ökológiai gazdálkodók további olyan módszereket is alkalmazhatnak, melyeket semmilyen jogszabály nem ír elő számukra, azonban hozzájárulnak az ökológiai gazdaságon belül és annak környezetében a természetes egyensúly és sokféleség fenntartásához. Ezek között vannak:

• Sövények és fák ültetése
• Régi mezők fenntartása
• Természetes vízfolyások fenntartása
• Fák és más honos vegetáció védelme

A tápanyagutánpótlók, a gyomirtószerek, a növényvédőszerek és más kémiai úton előállított szintetikusan bevitt anyagok korlátozása megakadályozza ezek bemosódását a vizekbe, valamint az ilyen jellegű szennyeződés negatív hatásait a vízi életre. Ezek a korlátozások megakadályozzák a felhalmozódás lehetséges veszélyét is. Ilyen veszély, hogy a magasabb rendű ragadozók, mint a ragadozó madarak elpusztulhatnak a táplálkozási láncban felszaporodó kémiai anyagok toxikus mennyiségű fogyasztása miatt.

Az állatok jólétének növelése érdekében alkalmazott módszerek, mint például a baromfi, sertés, szarvasmarha vagy más állatok számára biztosított szabad legelő további eszközei a természetes sokféleség elérésének.

Mindezen felül az ökológiai gazdálkodás tiltja a genetikailag módosított szervezetek használatát a növénytermesztésben és az állattartásban egyaránt. Ez elősegíti a honos növény- és állatfajok populációinak fenntartását, ugyanakkor sokkal több mezőgazdasági növény- és állatfaj alkalmazására késztet.

Több tanulmány kimutatta, hogy az ökológiai gazdálkodás kevesebb szénkibocsátással jár, így szerepe lehet a klímaváltozás csökkentésében. Az ehhez esetlegesen hozzájáruló tényezők az alábbiak:

• Csökkentett energia felhasználás a hulladékok és melléktermékek újrahasznosítása révén az energiaigényes előállítási folyamatokból származó szintetikus tápanyagutánpótló szerek alkalmazása helyett
• Az eredeti vegetáció nagyobb mértékű fenntartása és általában véve is több vegetáció
• A talaj szerves anyaga szenet köt meg, és a biogazdálkodás célja a talaj humusztartalmának a növelése.

Egy, az Ökológiai Gazdálkodás Kutatóintézete (FIBL) (en) által végzett tanulmány megállapította, hogy az ökológiai rendszerek üvegházhatást okozó gázkibocsátása hektáronként 32%-kal kevesebb, mint az ásványi eredetű tápanyagutánpótló szereket alkalmazó rendszerekben és 35-37%-kal kevesebb, mint a konvencionális állati trágya-használatra alapozó rendszereknél. A tanulmány szerint ez azzal a ténnyel függ össze, hogy az ökológiai gazdálkodás átlagosan 12-15%-kal több széndioxidot juttat vissza a a talajba, mint az ásványi eredetű tápanyagutánpótlást alkalmazó rendszerek a talajtermékenység és humusztartalom növelése révén.