Fontos, hogy az ökológiai gazdálkodás ellátási láncában minden gazdálkodót, feldolgozót és importőrt évente legalább egy alkalommal ellenőrizzenek, biztosítva ezzel a rendelet betartását.

Ez a folyamat az EU Tagállamok felügyelete alatt történik, melyek felelősek egy megfelelő ellenőrzési rendszer kiépítéséért és egy illetékes hatóság kijelöléséért így biztosítva az EU ökológiai rendeletében előírt kötelezettségek betartását.

Ennek érdekében minden EU-tagállam kijelölt egy bizonyos számú hatóságot és/vagy elismert magán ellenőrző szervezetet, amely az ellenőrzést végzi. Valamennyi ellenőrző szervezet vagy ellenőrző hatóság a tagállamok központi illetékes hatóságának felügyelete alatt, vagy azzal szoros együttműködésben dolgozik. A tagállamok minden évben jelentést tesznek a Bizottság felé e felügyeletről vagy együttműködésről. A legfrissebb felügyeleti jelentések összefoglalóját itt találhatja (en), (Beszámoló 2006 (en), Beszámoló 2005 (en)):

Minden magán ellenőrző szervezetnek meg kell felelnie bizonyos követelményeknek:

• Rendelkezniük kell az EU terméktanúsítási rendszert működtető szervezetekre érvényes általános követelményeknek megfelelő akkreditációval.
• A tagállam illetékes hatósága által elismert szervezeteknek kell lenniük.
• Biztosítaniuk kell az objektivitást az általuk ellenőrzött gazdaságokkal, szereplőkkel szemben

Ha egy terméken szerepel az EU ökológiai logója, mindig szerepeltetni kell annak az ellenőrző szervnek vagy hatóságnak a kódszámát is, amelyhez a legutóbbi előállítási vagy feldolgozási műveletet elvégző gazdasági szereplő tartozik.

A kódszám általános formátuma: AB-CDE-999, ahol az „AB” annak az országnak az ISO-kódja, ahol az ellenőrzésre sor kerül, a „CDE” az ökológiai termelési módra utaló kifejezés (például „bio” vagy „öko” vagy „org”), a „999” pedig hivatkozási szám.

A tagállamok minden olyan ellenőrző szervhez és hatósághoz kódszámot rendelnek, amelyeknek a működését a területükön engedélyezték. Minden ökocímkén szerepelnie kell az említett kódszámnak. A kódszám azt jelzi, hogy a terméket, amelyet megvásárol, megvizsgálta egy olyan ellenőrző szerv vagy hatóság, amely garantálja, hogy az illető terméket az ökológiai termelésről szóló rendelet szerint állították elő és dolgozták fel. Az alábbi helyen található a legfrissebb, az uniós ellenőrző szerveket és hatóságokat, valamint azok kódszámát tartalmazó lista (en).

A behozott árukon csak akkor kötelező feltüntetni az ellenőrző szerv vagy hatóság kódszámát, ha az árun szerepel az EU ökologója. Az EU területén kívül végzett ellenőrzésekért felelős ellenőrző szerveket és hatóságokat az Európai Bizottság látja el kódszámmal.

Megtalálható az alábbi helyen:

• a harmadik országok ellenőrző szerveinek és hatóságainak a kódszámát tartalmazó lista (en) (1235/2008/EK rendelet 7. cikke és III. melléklete)
• a tagállamok által az 1235/2008/EK rendelet 19. cikke szerinti eljárással összhangban kiállított behozatali engedélyek rendszerének hatálya alá tartozó ellenőrző szervek és hatóságok kódszámát tartalmazó lista (en)

Mielőtt valaki az ökológiai ágazatban megkezdheti az ökológiai gazdálkodást vagy az ökológiai termékek előállítását, első lépésként be kell jelentkeznie egy ellenőrző szervezethez vagy hatósághoz, és értesítenie kell tevékenységéről a Tagállama illetékes hatóságát. A termelés helyszíneit és az alkalmazott eljárásokat az ellenőrző szervezetnek vagy hatóságnak ellenőriznie kell és el kell azokat ismernie. Az ökológiai gazdaságoknak egy átállási időszakon kell átesniük, mielőtt termékeiket ökológiaiként forgalmazhatnák.

Abban az esetben, ha kiderül, hogy egy szereplő megszegte a jogszabály vagy az ellenőrzési rendszer előírásait, az ellenőrző hatóság vagy szervezet megtilthatja az érintett szereplő termékeinek ökológiaiként történő forgalmazását.

Abban az esetben ha a szabálytalanság csak egy tételt érint, az ellenőrző hatóságnak vagy szervezetnek biztosítania kell, hogy az ökológiai termelésre utaló hivatkozások, jelölések és logók nem jelennek meg az adott tételen.