Svarīga pamatideja bioloģiskajā lopkopībā ir katrai sugai atbilstošas vides izveidošana. Šajā koncepcijā ietilpst dažas vispārpieņemtas metodes:

• Pastāvīga pieeja brīvām āra platībām;
• Piemērotas ganības un lopbarība, kas atbilst barības un uzvedības vajadzībām;
• Aizliegums turēt dzīvniekus piesietus vai izolētus;
• Atbilstoša guļvieta un pakaiši;
• Zems lopu blīvums;
• Cenšanās ierobežot pārvadāšanas laiku.

Vispārējie bioloģiskie principi aizliedz lopkopībā izmantot dzīvnieku atpūtai grīdas ar spraugām.

Bioloģiskā lauksaimniecība ierobežo noņemt vai samazināt:

• Astes - aitām, cūkām u.c.;
• Knābjus - vistām, tītariem u.c.;
• Ragus - liellopiem, aitām, kazām u.c.

Vispārējā lopkopības prakse tiek pielāgota katrai sugai individuāli. Piemēram, putnkopībā var tikt pieļauts ilgs pārtraukums starp olu dēšanas periodiem. Putni var tikt turēti arī mazās grupās, lai izveidotu sociālās hierarhijas, kādas tās būtu dabā.

Jaunā ES Regula bioloģiskajā lauksaimniecībā vairākos punktos konkrēti nosaka lopkopības metodes: piemēram, personālam, kura pārraudzībā būs dzīvnieki, ir jābūt nepieciešamām pamatzināšanām un prasmēm attiecībā uz dzīvnieku veselību un labturību.

Bioloģiskā lauksaimniecība uzsver, ka visā dzīvnieka mūža garumā tam maksimāli jāierobežo sāpes un ciešanas. Tāpēc transportēšanas ilgums tiek stingri kontrolēts un kaušanas metodes ir izveidotas tā, lai tas notiktu pēc iespējas ātrāk un nesāpīgāk.